Die neue FBI Mitarbeiterin Dana Scully wird für die X Akten zugeteilt, die bereits Fox Mulder, ebenfalls ein FBI Agent, seit kurzer Zeit bearbeitet. Mulder ist nicht sonderlich erfreut über die neue Partnerin. Gleich zu Anfang müssen die beiden Agenten in den Nordwesten von Oregon nach Bellefluer fahren, um einen mysteriösen Mordfall aufzuklären. Im "Collum National Forrest" wurde eine weibliche Leiche aufgefunden, auf deren Rücken zwei ungewöhnliche Male entdeckt wurden. Mulder klärt Scully auf, dass es sich nicht um die einzige ungewöhnliche Leiche handelt. Der Beweis wird an einem begrabenen Schüler angetreten. Bei der näheren Untersuchung des fast verwesten Körpers befördert Scully aus der Nasenhöhle ein grau metallisches Röhrchen hervor, welches eine unbekannte Zusammensetzung aufweist. Desweiteren stellen die beiden Agenten fest, dass sie in ihren Ermittlungen ständig behindert werden. Als einer der Schüler und Sohn des Sheriffs mit Namen Billy Miles im Koma liegend in das Krankenhaus gebracht wird, dort stirbt und am Ende seine Leiche spurlos verschwindet, vermutet Fox Mulder, dass es sich um eine "ausserirdische Entführung" handelt. Doch die FBI Agenten können keine Beweise erbringen, da diese in einem Feuer komplett vernichtet werden. Das mysteriöse nimmt seinen Lauf, als sie während der Autofahrt ein gleissendes Licht am Himmel erblicken, bei dem nach dem Verschwinden laut Mulders Aussage insgesamt 9 Minuten Zeitverlust entstanden ist an die auch Scully keine Erinnerung besitzt. Weiterhin stellt die Agentin nun selber fest, dass sie ebenfalls diese merkwürdigen Male auf dem Rücken hat...

• Dana Scully macht in dem Chiefbüro zum ersten mal Bekanntschaft mit dem "Raucher", den Mulder in den späteren Folgen als "Der Krebskandidat" bezeichnet.
• In der Pilotfolge tritt zum ersten mal der mysteriöse Helfer von Mulder, "Der Mann mit der tiefen Stimme" (Deep Throat), auf.
• Die Story in dieser ersten Folge von Akte X soll laut der vorgeschalteten Texttafel in der Serie auf Tatsachen beruhen.

Colonel und Testpilot Robert Budahas taucht nach einem mysteriösen Verschwinden wieder zu Hause bei seiner Frau auf. Doch die Frau ist davon überzeugt, dass es sich nicht mehr um ihren Mann handelt. Ein Fall für die X Akten ?
Dana Scully und Fox Mulder begeben sich in den Südwesten von Idaho in der Nähe der Ellens Air Base, die als Top Secret eingestuft ist. Mulder ist zudem wieder einmal mehr informiert als Scully und klärt sie dahingehend auf, dass dieses seltsame Verschwinden bei etwa 6 weiteren Testpiloten geschah und vermutlich alle Personen in einem und denselben Projekt beteilligt waren, das Aurora Projekt. So fahren beide Agenten in die Nähe des geheimen Flugplatzes. In der Nacht erblicken sie am Himmel 2 helle und sich schnell bewegende Lichtpunkte. Dabei treffen Scully und Mulder auf 2 Jugendliche, die sich dieses "Ufo" Spektakel nicht entgehen lassen wollten und werden von den Agenten mitgenommen. Fox Mulder wird daraufhin von einem Mann (Deep Throat), der eine tiefe Stimme hat, aufgesucht der ihm rät, diesen Fall hier aufzugeben, da es sich um eine Regierungsangelegenheit handelt mit allerhöchster Geheimstufe. Das weckt Mulders Interesse allerdings erst recht und er begibt sich zusammen mit den beiden vorher geschnappten Jugendlichen erneut zur Ellen Air Base. Dabei wird Mulder von Soldaten erwischt und in den Sicherheitsbereich gefangen genommen. Scully muss nun zusehen, wie Sie den Kollegen Mulder dort wieder rausbekommt ohne selbst in Gefahr zu geraten. Sie entdeckt dabei, dass ein vermeintlicher Reporter, der ihr auf Schritt und Tritt immer folgte, ein Mann von der Regierung ist. Die Agentin benutzt den "falschen" Reporter als Geisel, der somit als Austausch gegen Mulder herhalten muss.

• Das sogenannte Aurora Forschungsprojekt ist offenbar tatsächlich eine Entwicklung der amerikanischen Air Force gewesen. Hierbei geht es um den Bau eines Überschall Fliegers, der die Mach 5 Grenze deutlich überschreitet, was jedoch unangenehme Nebenwirkungen auf die Piloten haben soll.

Die FBI Agentin Scully trifft einen guten Bekannten, der ebenfalls Agent ist, und fragt sie nach Hilfe über einen ungeklärten und sehr mysteriösen Fall, der sich in Baltimore (Maryland) abgespielt hatte. Dort wurde eine Leiche gefunden, der man die Leber fein und sauber entfernt hat. Das seltsame daran ist allerdings, dass dieses Opfer in einem verschlossenen Raum aufgefunden wurde und im Grunde genommen keine Person hinein- und herauskommen konnte. Bisher hatte noch keiner das Motiv dieser Morde klären können und ebensowenig gibt es Verdächtige. Der einzige Hinweis im Zimmer des Opfers sind Fingerabdrücke an einen Schacht, der allerdings von aussen her fest verschraubt ist und viel zu klein für einen ausgewachsenen Menschen darstellt, um dort durchschlüpfen zu können. Mulder stellt nach der Identifizierung der Fingerabdrücke fest, dass diese in Verbindung mit weiteren Morden aus den Jahren 1933, 1966 gebracht werden können. Und in diesen Zeiten geschahen jeweils immer 10 Morde und bei den Opfern fehlte ebenfalls immer die Leber.
Die Ermittlungen führen zu einem Veterinär Namens Victor Tooms und anschliessend zu einen ehemaligen Polizisten, der diese Fälle im Jahre 1966 untersucht hatte, aber den Täter nie finden konnte. In allen Mordfällen stellt sich immer wieder heraus, dass Victor Tooms damit im Zusammenhang steht und vermutlich vielleicht sogar der Täter sein könnte. Die beiden Agenten suchen mit diesen Informationen das Haus des Verdächtigen auf und entdecken in einer Wand ein tiefes Loch dass offenbar in einen grossen und ziemlich übel riechenden Keller führt. Dort machen Agent Scully und Fox Mulder eine grausame Entdeckung; Eine Art Nest, dass wie ein Kokon aussieht. Allerdings scheint Victor Tooms jedoch auch hier nicht auffindbar zu sein. Dieser hat aber bereits ein neues Opfer ausfindig gemacht, die Agentin Dana Scully...

• "Das Nest" zieht eine weitere Folge nach sich, mit dem Titel: "Das neue Nest" (Folge 20).
• Es soll tatsächlich Menschen geben, die von Leber nicht genug kriegen können, was allerdings keinen krankhaften "Kanibalismus" zur Folge hat, da diese Menschen ausschliesslich tierische Leber bevorzugen.

Auf einen Campingplatz verschwindet in der Nacht die Tochter einer alleinstehenden Mutter. Die Mutter beschreibt diese Situation den Agenten Fox Mulder. Die Tochter war nach einem merkwürdig gleissenden Licht verschwunden und ihr kleiner Sohn seitdem sehr ruhig und seltsam geworden. Mulder erinnert sich an einen ähnlichen Fall, der ebenfalls am "Okobogee" See vor einigen Jahren stattfand. Beide Agenten suchen nun die Mutter und den Sohn erneut zu Hause auf, um sich die Geschichte von ihr genauer beschreiben zu lassen. Natürlich sieht Fox Mulder darin wieder einen "typischen" Fall für "ausserirdische Entführungen", da auf ähnliche Weise damals, als er noch ein Kind war, seine Schwester so verschwand und seitdem nicht mehr aufgefunden wurde. Scully jedoch meint zu diesem Fall wieder einmal sehr nüchtern zu wissen, dass die Tochter lediglich im Teenager Alter sei und vielleicht mit einem Freund oder Freundin sich davongestohlen hat. Nun scheint am Ende der Schlüssel des Ganzen zum kleinen Sohn zu führen, der unentwegt die Zahlen 0 und 1 reihenweise und anscheinend völlig unlogisch auf Blätter zu malen scheint, was ihm angeblich "die im Fernseher" zuflüstern. Mulder findet dieses Verhalten äusserst seltsam. Scully begründet dieses Verhalten mit einem "Schockerlebnis", welches er im Wald erlebt hat.
Daraufhin treffen sich die beiden Agenten mit einer Schulfreundin der Entführten, die bestätigt, dass die Tochter mit dem Freund Greg Williams verschwinden wollte, da sie von ihm offensichtlich ein Kind erwartet. Zurück zur Mutter im Haus stellen die Agenten fest, dass Mutter und Sohn verschwunden sind und auf dem Boden im Wohnzimmer sämtliche gemalten Blätter so nebeneinander gelegt wurden, dass daraus ein Bild entsteht, dass das Gesicht der entführten Tochter darstellt. Agentin Scully und Fox Mulder fahren zurück zum Okobogee See, wo die Agenten ein Steingrab finden, indem sich eine Leiche befindet. Diese wird als Greg Williams identifiziert. Nun wissen endlich Fox Mulder und Dana Scully, wo sie wirklich suchen müssen...

• In dieser Story wird zum ersten mal der Entführungsfall von Fox Mulders Schwester durch Ausserirdische aufgegriffen.

New Jersey rückblickend im Jahr 1947. Ein junges Pärchen fährt auf der Strasse nahe an einem Wald entlang. Ein geplatzter Reifen zwingt den Fahrer dazu, diesen in der Nacht zu wechseln. Etwas ungeschickt lässt er seine Taschenlampe fallen, die sogleich in den Wald hinabrollt. Wenige Stunden später wird er im Wald von einer Suchtruppe tot aufgefunden, allerdings ohne Beine. Diesen Fall kramt Mulder aus dem Archiv der "X Akten" heraus, als Scully ihn eine ähnliche aber aktuelle Geschichte erzählt, bei dem Obdachloser ohne Arme und Beine tot aufgefunden wird. Mulder vergleicht den Fall mit dem aus dem Jahre 1947, der die Aktennotiz "Die Legende vom Teufel von Jersey" trägt und bis zur heutigen Zeit ungelöst blieb. Detektiv Thomson, der mit dieser Sache bereits betraut ist, hindert Mulder daran weiter in dieser Sache "herumzuschnüffeln".
Mulder "stochert" trotzdem weiter in diesem Fall herum, unterhält sich u.a. mit einem Parkaufseher und den Sheriff. Ein anderer Obdachloser, der den Toten gut kannte, überreicht Mulder eine Zeichnung, auf die der vermeintliche "Menschenfresser" gezeichnet wurde. In der Nacht entdeckt Mulder eine ungewöhnliche kleine Kreatur im Schatten, die er verfolgt, allerdings wird er von der Polizei verhaftet. Scully muss für die Kaution sorgen, damit Fox Mulder wieder freikommt. Nach weiteren Recherchen informiert ihn der Sheriff, dass erneut ein Toter ohne Gliedmassen gefunden wurde. Mulder macht sich daraufhin an den Tatort und macht im Wald eine wundersame Entdeckung...

• Diese "Jersey Devil" Legende existiert tatsächlich. Wobei die Frage ist, ob es dieses Wesen, dass angeblich häufig mit dem mexikanischen "Chubacabra" (chameleonartiger Blutsauger) verglichen wird, existiert.

Lauren Kyte, die ehemalige Sekretärin des vor dem kürzlich verstorbenen Chef Howard Craves, räumt das Büro leer und verlässt am späten Abend trauernd das Bürogebäude. Beim Geld abheben an einem Automaten wird sie von 2 Unbekannten überfallen. Etwa 2 Stunden später werden die beiden Räuber in einer Seitenstrasse tot aufgefunden. Das seltsame daran ist, dass deren Kehle zerquetscht wurden, um zwar von innen. Das ist ein Fall für das FBI, insbesondere für Fox Mulder, der hier wieder einmal das paranormale sieht, während Scully aufgrund ihrer medizinischen Erfahrungen diese seltsame Entdeckung auf nüchterne Weise erklärt. Unbeeindruckt schnüffelt Mulder mit seinen Erkenntnissen weiter. Fündig wird er im Bethesda Naval Hospital in Maryland , wo angeblich schon einmal ein solcher Fall bei einem Toten mit einer von innen zerquetschten Kehle vorgekommen war.
Bei der näheren Untersuchung des Videos, welches den vorherigen Überfall der beiden Toten am Geldautomaten zeigt, führt die Spur zurück zu Lauren Kyte, die seltsamerweise völlig ungeschoren davon gekommen ist. Mulder entdeckt auf einzelnen Videobildern enfernt eine Art Schatten, der fast schon wie ein Geist ausschaut. So fahren Mulder und Scully zu Lauren um sie näher zu befragen, was jedoch ohne Ergebnis verläuft. Als die beiden Agenten wieder in ihrem Auto sitzen und zurückfahren wollen, wird wie von Geisterhand auf einmal der Rückwärtsgang eingelegt.

• Paranormale Phänomene stehen hier im Vordergrund und daher wird das Thema Ausserirdische auch kaum erwähnt.
• Videoaufzeichnungen mit ungewöhnlichen Schattenbewegungen von vermeintlich rachesüchtigen Toten sind keine Seltenheit und gehören sogar zu wissenschaftlichen Tatsachen.

In einem grossen Softwareentwicklungsunternehmen kommt ein hoher Angestellter durch einen Stromschlag ums Leben. Jerry ein FBI Agent, der mit diesem Fall betraut wird bittet Mulder um seine Mithilfe. Doch Fox lehnt das Angebot ab, da er der Meinung ist, das es sich nicht um eine X Akte handelt. Dennoch untersuchen Scully/Mulder das grosse "Eurisko" Gebäude und den Tatort. Es stellt sich heraus, dass ein sogenanntes COS Projekt (Central Operating System) eingestellt wurde und somit keine Forschungsgelder mehr dafür fliessen, was offensichtlich Brad Wilczek überhaupt nicht gefallen hat. Aus dieser Erkenntnis heraus, vermutet Mulder, dass Brad der Täter sein könnte, da der Tote ein ehemaliger Geldgeber für dieses Projekt gewesen war.
Mulder trifft bei seinen Ermittlungen im Eurisko Gebäude auf Deep Throat (Der Mann mit der tiefen Stimme), der ein hoher Regierungsbeamter zu sein scheint und dem Agenten ein paar Informationen zuspielt. In den weiteren Ermittlungen gerät Mulder und ebenfalls Scully mehrmals in Gefahr, da sich einige Computer offensichtlich selbstständig machen und "gegen die Agenten arbeiten".

• In den Akte X Folgen werden Themen im Zusammenhang mit Computern äusserst selten erzählt.
• COS Projekte werden im Allgemeinen mit der "automatisierten Computertechnologie" in Verbindung gebracht. Soll heissen, dass die Software "selbstdenkend arbeiten" soll und aus gegebenen Situationen eigene Schlüsse zieht und darauf reagiert.

In der Arktis, etwa 250 Meilen nördlich vom Eispol entfernt befindet sich eine Forscherstation. In einer Hütte bewegt sich ein verletzter Mann zum Funkgerät um Hilfe zu rufen. Dabei wird er von einem anderen Mann mit einer Pistole bedroht und erschossen. Anschliessend begeht der Angreifer Selbstmord. Wenig später sieht man eine Videoeinspielung über den Verlauf der Forschung und die Veränderung der Wissenschaftler die sich in der Arktis offenbar gegenseitig ohne Grund abgeschlachtet haben. Mulder und Scully bekommen den Auftrag dorthin zu fliegen um heraus zu bekommen, was sich dort für seltsame Ereignisse zugetragen haben. Das Agentenpaar fliegt zusammen mit Lawrence Hodge (Mediziner), Nancy DaSilva (Toxikologin) und Denny Murphy (Geologe) zu dieser Forscherstation. Am Ort des Geschehens besorgt sich Mulder aus dem tiefen Eis eine Wasserprobe und wird dabei von einem sehr aggressiven Hund angegriffen. Bear, der Hubschrauberpilot wird vom Tier gebissen. Der Hund stirbt und wird eingehend untersucht. Dabei entdecken Scully und Mulder dass die Lymphen des Hundes geschwollen sind und sich darin irgendetwas bewegt. Unterdessen verarztet sich der Pilot Bear. Er stellt fest, dass sich an seinem Arm ebenfalls ein paar Knoten gebildet haben, die sich anscheinend ebenfalls bewegen. Die Wasserprobe wird untersucht und es stellt sich heraus, das es Amoniak enthält in dem sich kleinere Larven entwickelt haben, die offensichtlich die ehemalige Forschercrew befallen hat. Ebenso den Hund und auch Bear, der Pilot ist davon bereits betroffen. Bei einer gegenseitigen Untersuchung, stellt sich diese Tatsache heraus. Als Bear daraufhin ungewöhnlich aggressiv wird, sperrt man ihn in eine Kammer ein. Dort stirbt er und die Larve in der Halsgegend scheint verschwunden zu sein. Mulder entdeckt die Larve ausserhalb der Leiche und möchte diese untersuchen, was Scully entschieden abwehrt. Sie möchte sie lieber töten. Es scheint so, als würde nun auch dieses Team von den in Amoniak konservierten Larven befallen werden. Jeder misstraut jeden und auch Mulder muss es leidlich mit erleben. Und eine Flucht aus der Arktis scheint unmöglich zu sein...

• Die Arktis ist ein sehr beliebter Ort für die Serie Akte X. Dort wird u.a. der Ursprung der Ausserirdischen vermutet, was erst viel später in "Akte X - Der Film" im übrigen noch genauer erläutert wird.

Diesmal verschlägt es die beiden FBI Agenten nach Pasadena (Californien) in das "Jet Propulsion Laboratory". Von dort aus wird ein Space Shuttle Start mit einer Viking Sonde an Bord beobachtet und wegen eines vermutlichen Sabotageakt abgebrochen. Colonel Belt ist allerdings davon überzeugt, dass es sich in keinster Weise um einen Sabotageakt handelt. So werden Fox Mulder und Dana Scully gebeten bei der nächsten Mission ein Auge auf die Sache zu werfen. Mulder bemerkt, das Colonel Belt sich recht häufig merkwürdig verhält, was sich nach dem Start des Shuttles "Discovery" sogar verstärkt. Während eines Weltraumspaziergangs und das Aussetzen der Sonde passiert ein Missgeschick und ein Austronaut schwebt dadurch in Lebensgefahr. Trotz seiner vielen merkwürdigen Reaktionen kann Belt diese Mission dennoch retten, bevor er in seinem Zimmer umfällt und seltsame Alpträume bekommt. Der Ex- Astronaut scheint offensichtlich von einer fremden Macht besessen zu sein, was Mulder sogar vermutet. Scully dagegen sieht vielmehr ein medizinisches Problem, bis sich heraustellt, dass es viele Ereignisse damals bei Marsmission gab, bei der der Colonel noch als Astronaut dabei war und exakt dieselben Probleme auftraten, wie es bei der letzten Mission der Discovery geschah...

• Die Geschichte ist zwar frei erfunden und diesmal nicht wirklich sonderlich gut gelungen. Das "Jet Propulsion Laboratory" gibt es allerdings auch in Wirklichkeit. Das Institut arbeitet u.a. für die NASA und kümmert sich quasi um das erfolgreiche Aussetzen der Sonden wie die "Viking" etc.

In Townsend (Wisconsin) ist ein recht grosser Waldbrand in der Nacht ausgebrochen. Ein Deputy der mit seinem Wagen unterwegs ist, versucht mittels seinem Funkgerät Hilfe zu holen und wird dabei durch ein helles Licht getroffen. Gleichzeitig wird im US Space Surveillanc Center in Cheyenne Mountain Colorado auf dem Radar ein "Gefallener Engel" (UFO) gemeldet. Fox Mulder, der bereits einen Tipp über diese Operation Namens "Falcon" von einem Unbekannten erhalten hat, fährt sofort zur Absturzstelle und beobachtet in derselben Nacht das Treiben aus nächster Entfernung. Dabei wird er allerdings erwischt, niedergeschlagen und gefangen genommen. Er lernt hier den ebenfalls gefangenen Max Pfennig kennen, der wie Mulder an UFOs glaubt und auch eine Verschwörung bzw. Vertuschungsaktion seitens der Regierung sieht. Scully schafft es, das Mulder wieder auf freie Füsse kommt und erklärt ihm, dass diese Angelegenheit keine X Akte sei und er die Finger davon lassen soll. Bestärkt durch Max Pfennigs Aussagen stochert Mulder allerdings weiter, um das abgestürzte UFO ausfindig zu machen, dass irgendwo in Sicherheit gebracht wurde. Auch der "Mann mit der tiefen Stimme" scheint dem Agenten echte Informationen zuzuspielen, die ihn tatsächlich zu einer geheimen Basis führt. Endlich scheint Mulder am Ziel zu sein, doch auf einmal wendet sich alles gegen ihn....

• Was in der Pilotfolge "Gezeichnet" als Rahmenhandlung nur vage beschrieben wurde, nimmt hier bereits erste Formen an. Das Thema UFOs und die dadurch resultierende Regierungsverschwörung kommt hier langsam in Schwung.
• "Gefallener Engel" ist beim US Militär tatsächlich das Codewort für (scheinbar) abgestürzte UFOs. Daher wurde vermutlich diesmal der englische Serientitel exakt ins deutsche übersetzt.

Ein merkwürdiger Zufall wir entdeckt als Fox Mulder und Dana Scully in Connecticut den Mord eines Familienvaters untersuchen, dem fast gänzlich das Blut fehlt. Exakt zur selben Zeit geschieht in Kalifornien ein ähnlicher Mord. Noch erstaunlicher ist allerdings, dass sich die Töchter der beiden ermordeten Männer, obwohl sie soweit entfernt wohnen und sich nicht im geringsten kannten, sich unheimlich ähnlich sehen als wären es Zwillinge. Scully untersucht den Fall natürlich wieder auf medizinisch nachweisbare Ebene. Mulder ist eher der Meinung, dass hier Ausserirdische am Werk gewesen waren. Beide Vermutungen scheinen sich zu verstärken, wobei es sich nicht unmittelbar um ausserirdische Kräfte handelt, aber um eine besondere Gabe, die die beiden Mädchen besitzen. Ausserdem stellen die beiden Agenten fest, dass es sich nicht nur um Zwillinge handelt...

• Diese Story wird in einer der nächsten Akte X Staffeln nochmals aufgegriffen und gehört mehr oder weniger zur Rahmenhandlung der Serie (UFOs und Regierungsverschwörungen).

Eine ehemalige Bekannte von Fox Mulder, Phoebe Green, die im Scotland Yard arbeitet bittet das FBI um Hilfe bei einem sehr merkwürdigen Fall. In England geschehen einige seltsame Todesfälle die im Zusammenhang mit Feuer stehen. Allerdings werden offensichtlich keine Menschen verbrannt, sondern sie gehen selber und scheinbar ohne Grund einfach in Flammen auf. Fox Überlegungen der "Selbstverbrennung" geht wieder in die Richtung von mystischen oder gar ausserirdischen Kräfteeinwirkungen hervor. Scully dagegen weiss aus wissenschaftlicher Sicht, dass es Beweise geben soll, dass eine Selbstentzündung durchaus in der Natur des Menschen liegen kann. Die einzige Frage die sich den beiden Agenten noch stellt ist lediglich, warum diese Menschen ausgerechnet verbrennen.

• "Feuer" ist hier in zweideutiger Sicht als Titel gewählt worden. Neben dem Thema "Selbstentzündung" hat Fox Mulder eine besonders hohe Angst von Feuer, was erst viel später in einer der Staffeln etwas genauer thematisiert werden wird.
• Die "spontane menschliche Selbstentzündung" ist ein Phänomen, dass bereits seit Jahrhunderten wissenschaftlich untersucht wird. Eine eindeutige Erklärung gibt es allerdings bis heute nicht.

Durch einen Anruf erfährt Scully, dass ihr Vater bei einem Unfall gestorben ist. Sie stand ihm sehr Nahe und die Trauer ist bei der Agentin recht gross. Liebevoll hat der Vater seine Tochter immer "Starbuck" genannt, während sie ihm Käptīn Ahab nannte (Es handelt sich hier um Figuren aus den Roman "Moby Dick" von Herman Melville). Unabhängig dessen müssen Fox Mulder und Dana Scully einen Entführungsfall von zwei Studenten nachgehen. Bereits ein Jahr zuvor ist sowas schonmal in einer ähnlichen Form geschehen. Dabei wurde ein Mörder mit Namen Luther Lee Boggs dingefest gemacht, der allerdings im Gefängnis zum Tode verurteilt wurde. Er ist der Meinung, dass er beim letzten Entführungsfall eine Vision hatte und weiss, wer diese Tat begangen hat. Mulder glaubt nicht, dass der Mörder solche derartigen telepathischen Kräfte besitzt, sondern vielmehr seinen "Komplizen" verraten will um seiner Todesstrafe zu entgehen. Im Gespräch bzw. Verhör durch Scully offenbart Boggs ihr einiges über ihren kürzlich verstorbenen Vater, was er im Grunde genommen garnicht wissen kann. Während Mulder versucht herauszubekommen, wo sich der wirkliche "Entführer" aufhält, glaubt Scully immer mehr, das der inhaftierte Mörder Boggs tatsächlich telepathische Kräfte besitzt.

• Scully erhält mit dem Beginn dieser Folge eine ganz persönliche Geschichte, die über sämtliche Staffeln weitergeführt wird.

Was sich zu Anfang als ein mehrfacher Sexualmord darstellt, wird durch Fox Mulder mit seinen Erkenntnissen zu einem paranormalen Mysterium erklärt. Die Opfer sterben jedesmal nach dem Höhepunkt des Liebesakt. Zu Anfang scheint es keine Verbindungen zu den Todesfällen zu geben. Doch als Scully und Mulder bei ihren Untersuchungen an jedem Tatort dieselben Ergebnisse finden, wissen sie, dass es sich um ein und denselben Täter handeln muss. Fox ist der Meinung, dass der vermutliche Täter die Gabe haben könnte sich entsprechend für das Opfer "einzustellen". Scully dagegen erklärt anhand der verfügbaren medizinischen Befunde des jeweiligen Opfer, dass alle eine seltsame Sache verbindet. Ein überdurchschnittlicher Hormonaussstoss während des Liebesaktes brachte das Herz des Opfers einfach zum Stillstand. Jetzt bleibt im Grunde genommen nur noch die Frage offen, ob es sich beim Täter um einen Mann oder eine Frau handelt, da die Opfer sowohl männlichen als auch weiblichen Geschlechts waren.

• Diese Geschichte scheint etwas zu fantastisch, da man unter anderem sehen kann wie sich der Täter nach dem Liebesakt verwandelt.

Dana Scullys guter Bekannter und Freund Agent Jack Willis wird während eines Banküberfalls tödlich getroffen. Auch der Bankräuber erliegt im Krankenhaus seinen schweren Schussverletzungen. Die Ärzte können jedoch den Agenten wiederbeleben, der nach seiner Genesung allerdings nun seltsame Verhaltensweisen aufzeigt. Scully vermutet ein unheilsames Trauma, denn Willis ist schon seit Jahren hinter diesem skrupellosen Bankräuber her gewesen. Mulder dagegen behauptet, dass vermutlich während der Wiederbelebung des Agenten im Krankenhaus sich "in" ihm wohl das Ego des Bankräubers manifestiert hat. Es hat sogar wirklich den Anschein, da Jack Willis auf eigene Faust versucht auf biegen und brechen "seine geflüchtete Freundin" zu finden, die aber in Wirklichkeit die Freundin des Bankräubers gewesen war.

Bei der Untersuchung einer durchaus seltsamen Mordserie fallen Dana Scully und Fox Mulder seltsame Parallen auf, die zu einen Täter führen, den Mulder vor etlichen Jahren festgenommen hat. John Barnett , so der Name des Mörders, hat Mulder damals geschworen sich eines Tages an ihm zu rächen. Zu diesem Zeitpunkt war der Agent noch in der Academie und erstellte Täterprofile die u.a. dazu verhalfen, das Barnett damals festgenommen werden konnte. Mulder erlebt nun einige mysteriöse Ereignisse, die tatsächlich so wirken als würde John Barnett seine Racheversprechung gegen ihn einhalten. Doch Agent Scully und Mulder finden heraus, dass der von ihm dingfest gemachte Mörder bereits seit über 4 Jahren tot ist.

Über den irakischen Luftraum wird ein nicht näher identifizierbares Flugobjekt abgeschossen. Die USA ist an dieser Sache mehr als interessiert, da offensichtlich ein Ausserirdischer aus dem Wrack geborgen werden konnte. Die US Regierung schaffen diesen Fund in die USA wo es anschliessend zu einen geheimen Stützpunkt gebracht werden soll. Ein dafür speziell präparierter grosser LKW soll die wertvolle Fracht möglichst unauffällig zum Zielort fahren. Doch es werden auf einmal ungewöhnlich viele UFO Meldungen laut und das seltsamerweise exakt der LKW Route entlang. Der LKW mit dem wertvollen "biologischen Wesen ausserirdischen Ursprungs" wird scheinbar von einem solchen UFO angegriffen und wird ohne Fahrer an einem Strassenrand aufgefunden. Diese Ereignisse gehen natürlich nicht an Dana Scully und vor allen Dingen nicht an Fox Mulder vorbei, weshalb sie den Fall auch näher untersuchen wollen. Allerdings treffen die beiden Agenten bei ihren Ermittlungen auf heftigen Widerstand, sogar die Regierung und das FBI Hauptquartier versuchen diese Geschichte zu vertuschen. Ob hierbei der "Mann mit der tiefen Stimme" eine wirkliche Hilfe ist oder das ganze lediglich ein Täuschungsmanöver zu sein scheint, kann Fox Mulder und Dana Scully bis zum Ende hin nicht genau erklären.

• Hier wird die Rahmenhandlung (oder der Rote Faden) von Akte X spürbar vorangetrieben. Mulder bekommt erneut die Chance einen Ausserirdischen zu sehen, wird allerdings durch die Regierungsmachenschaften letztendlich wieder davon abgehalten.

Scully und Mulder untersuchen den Fall eines Wunderheilers, der angeblich durch reines auflegen seiner Hand unheilbare Krankheiten wie Krebs etc. heilen kann. Bei seinem letzten "Heilversuch" verstirbt dieser "Patient". Wie sich kurze Zeit später bei den Ermittlungen von Mulder und Scully herausstellt handelt es sich nicht um die einzige verstorbene Person. Bereits vorher gab es schon 2 weitere Todesfälle. In dem Fall treffen sie auch auf den schwarz gekleideten Assistenten des Wunderheilers, der eine wirklich sehr "heisse" Kindheit hinter sich gebracht hatte.

• Die typische Wunderheiler Geschichte, welche in nahezu jeder Serie dieses Genres mindestens einmal vorkommt. Leider ist es nach der Folge 09 "Besessen" eine weitere und recht träge Inszenierung geworden.

In Browning (Montana) erschiesst in der Nacht ein Farmer einen Indianer. Dahingehend handelt es sich nicht unmittelbar um eine X Akte. Trotzdem ermittelt Fox Mulder in dem Fall, da der Farmer felsenfest davon überzeugt ist, dass er ein Tier erschossen hat und keinen Menschen. Mulder vermutet hier, dass es sich um Lykanthropie (Ein Mensch der sich in der Nacht in ein Tier verwandelt) handeln könnte. Alle Spuren deuten desweiteren an, dass tatsächlich ein Tier jede Nacht die Farm unsicher gemacht hat. In der Gegend geschehen weitere Unfälle die sowohl Fox Mulder als auch Dana Scully noch mehr Rätsel in dem Fall aufgeben. Während die Agentin mehr davon überzeugt ist, dass es sich um ganz normale Tötungsfälle handelt, scheint Mulder bereits Beweise gefunden zu haben die seine Theorie der "Verwandlung des Menschen in ein bösartiges Tier" untermauern.

Im Olympia National Forest in Oregon (Washington) verschwindet spurlos eine Gruppe von Holzfällern. Mulder und Scully werden auf diesen Fall angesetzt. Es stellt sich heraus, dass die Holzfäller nicht nur die erlaubten und markierten Bäume gefällt haben, sondern ebenso auf illegale Weise sehr alten Holzbestand zerstörten. Mulder vermutet natürlich, dass sich der Wald entsprechend gegen die verschwundenen Holzfäller gewendet hat. Diese eher scherzhafte Aussage trifft allerdings zum Teil sogar zu. Zuvor werden jedoch einige Umweltschützer beschuldigt, die versuchen auf ihre etwas radikale Art den grossen Wald zu schützen. Dummerweise fällt der Motor des Wagens der beiden Agenten mitten auf der Waldstrasse aus und so müssen sich Mulder und Scully zusammen mit den beiden verhafteten Umweltschützern in der Dämmerung in eine Hütte flüchten. Denn der Wald scheint tatsächlich von Geistern beseelt zu sein...

Der von Fox Mulder und Dana Scully vormals überführte Victor Eugene Tooms wird nach einem erneuten psychologischen Gutachten von den Ärzten als harmlos und "wieder gesellschaftsfähig" eingestuft und demnach auf freien Fuss gesetzt. Mulder ist darüber weniger glücklich, denn er weiss, dass Tooms immernoch auf der Suche nach seinem letzten Opfer ist, dass ursprünglich Dana Scully (siehe dazu: Folge 03, Staffel 1, Das Nest) sein sollte. Doch sein Vorgesetzter verwehrt Fox Mulder den dringlichen Wunsch den ehemaligen Mörder nun auf Schritt und tritt zu verfolgen. So verfolgt der FBI Agent ohne Erlaubnis den freigesprochenen Victor Tooms, der sich im Anschluss darüber bei der Behörde beschwert und verlangt in Ruhe gelassen zu werden.

• Weiterführende Geschichte um Victor Eugene Tooms, der bereits in Folge 03 "Das Nest" sein Unwesen getrieben hat, in der er Menschen tötete und deren Leber gegessen hat.

Ein kleines Mädchen wird Zeuge eines offensichtlichen Unfalls, bei dem ein Polizist durch einen Sturz aus dem Fenster zu Tode kommt. Das ist an sich nichts ungewöhnliches und weniger ein Fall für das FBI. Als später jedoch ein weiterer Polizist stirbt und wiederum dasselbe kleine Mädchen Zeuge dieses "Unfalls" wird, schalten sich Fox Mulder und Dana Scully in diesem mysteriösen Fall mit ein. Mulder wird in den älteren X Akten fündig. In einem etwa 9 Jahre alten und bisher nie eindeutig geklärten Todes- bzw. Mordfall sieht er eine Verbindung zu dem Mädchen, Michelle Bishop. Daraus schliesst Mulder, dass die Polizisten keinen Unfall hatten sondern ermordet wurden.

In einem Forschungsinstitut indem neuartige Triebwerke in einem geschlossenen Bereich getestet werden, kommt einer der Forscher auf mysteriöse Weise ums Leben. Scheinbar hat sich das Opfer selbst in den Raum eingesperrt und die Computer eingeschaltet, die das Triebwerk im Windkanal einschalteten. Die einzige Person, die offensichtlich zugegen war ist Roland Fuller, ein Hausmeister der leicht zurückgeblieben ist. Als ein weiterer Unfall in derselben Form passiert schaltet sich das FBI ein und Fox Mulder ermittelt zusammen mit Dana Scully den Fall. Fuller ist allerdings nicht "zurückgeblieben", sondern ein Autist, der wie die meisten solcher Menschen eine extreme mathematische Kenntnis besitzt. Mit dem zweiten Triebwerkunfall bei dem ein weiterer Wissenschaftler lediglich nur noch in kleinen Stücken gefunden wird, vermutet Mulder, dass Roland (der Autist) etwas damit zu tun haben könnte. Er begibt sich dabei jedoch auf gefährliches Terrain und wird fast selber Opfer eines plötzlich startenden Triebwerks.

Der "Mann mit der tiefen Stimme" (Deep Throat) gibt Mulder einen Tipp bezüglich eines toten Flüchtlings, der offensichtlich "nur" ertrunken ist. Zunächst stellen Mulder und Scully keinerlei Besonderheiten fest und vermuten, dass sie hier auf eine falsche Fährte gebracht wurden. Nachdem "Deep Throat" den Agenten noch ein paar mehr Infos zuspielt, werden die beiden FBI Agenten sehr aufmerksam. Scheinbar handelt es sich bei dem ertrunkenen Flüchtling um eine Testperson, an dem man Experimente durch ausserirdische DNA durchgeführt hat. Das ist natürlich Zucker für Fox Mulder, der sich in dieser Sache völlig reinhängt. Doch je näher Scully und Mulder der Sache kommen, verschwinden Beweise und Menschen die den beiden Agenten in diesem Fall Hilfe gaben, werden getötet oder sterben auf wundersame Weise. Eine X Akte ganz im Sinne von Fox Mulder, der sich auch hier wieder bei den weiteren Ermittlungen nicht aufhalten lässt und durchaus schon mal über Leichen gehen muss.

• Wiederum wird hier der Rote Faden der Serie fortgeführt. Die letzte Folge endet zwar mit einem geschlossenen Ende. Der Zuschauer bekommt allerdings nicht auf alle Rätsel eine komplette Antwort.
• Die X Akten werden mit dieser letzten Folge der ersten Staffel geschlossen, was gleich zu Anfang der Staffel 2 in mehreren Folgen thematisiert wird.